Під час укладання цьогорічного рейтингу експерти враховували сучасні тенденції трансформації вищої освіти, яка перебуває у стані глибоких змін, зумовлених як структурними реформами, так і масштабними втратами, спричиненими повномасштабною військовою агресією проти України.
У роботі над рейтингом були взяті до уваги Берлінські принципи, схвалені учасниками другої наради IREG (Берлін, Німеччина, 18–20 травня 2006 року, а також рекомендації IREG за підсумками конференції 2024 року – IREG 2024 Conference "AI Influence on Higher Education and Rankings"
Головний висновок конференції IREG-2024: штучний інтелект уже сьогодні істотно трансформує вищу освіту – від викладання та дослідницької діяльності до систем оцінювання університетів – і починає впливати на саму методологію формування академічних рейтингів. З огляду на це, при формуванні рейтингу «Топ-200 Україна 2025» було посилено увагу до показників, які відображають вплив штучного інтелекту на: дослідницьку діяльність, інноваційну активність, соціальний вплив університетів.